《拳皇2003》（The King of Fighters 2003）的剧情主要围绕着KOF2002大会后的世界格局变化以及新的威胁展开。
简单来说，剧情可以概括为以下几个关键点：
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KOF2002的余波： KOF2002结束后，新的“King of Fighters”诞生，但世界并未恢复平静。以矢吹淳（KYO）和安迪·博格（ANDY）为代表的新一代格斗家们，虽然获得了新的力量（来自传说中的格斗术“八神庵”和“安迪·博格”的力量），但他们也成为了某些邪恶势力的目标。
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神秘组织“社”（The Society）： 一个名为“社”的神秘组织浮出水面。他们的目的是利用格斗家们，特别是拥有特殊力量（如KYO和ANDY）的人，来达成某种邪恶的目的。该组织的成员包括七夜（SHINOHARA），左京（SATO），以及后来加入的吉斯·霍华德（GISE）。
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吉斯的复活与野心： 邪恶格斗家吉斯·霍华德在KOF2002中虽然被ANDY击败，但并未死亡。他通过“社”的力量复活，并渴望再次统治格斗界。他利用了ANDY吸收八神力量的不稳定状态，将其变成了巨大的火球（即“安迪炸弹”），并以此作为威胁，迫使格斗界屈服。
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KOF2003的召开： 面对吉斯的威胁和“社”的阴谋，格斗界决定再次召开KOF大赛。这次大赛的目的不仅仅是决出新的格斗王，更是要解除吉斯的威胁，揭露“社”的真相。来自世界各地的格斗家们再次聚集。
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主要冲突：
- KYO vs GISE: 原本在KOF2002中和解的KYO和GISE再次站在了对立面。GISE试图利用KYO的力量，而KYO则要阻止他的朋友（或者说曾经的对手）作恶。
- ANDY vs 新的威胁: ANDY不仅要对抗吉斯制造的“安迪炸弹”，还要面对自己体内不断膨胀的八神力量，以及来自其他拥有特殊力量角色的挑战。
- 阻止社的阴谋： 各路英雄需要团结起来，对抗“社”及其成员，保护世界免遭他们的侵害。
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最终决战与转机： 在KOF2003的最终舞台上，英雄们与吉斯和“社”的核心成员展开激战。虽然过程惊险，但最终以正义一方获胜告终。吉斯被击败，社的阴谋也被挫败。ANDY成功吸收并掌控了八神的力量，不再受其影响。
总结来说，《拳皇2003》的剧情核心是承接KOF2002，引入了新的神秘组织“社”和被复活的邪恶角色吉斯·霍华德，围绕他们与拥有特殊力量的英雄们（尤其是KYO和ANDY）之间的冲突展开，最终通过一场规模宏大的格斗大赛解决了危机，并为后续的剧情（如KOF2002UM）埋下了伏笔。 剧情中充满了宿敌对决、力量争夺、友情与背叛等元素，是拳皇系列中比较精彩的一作。
