以下是《幽灵计划》（Ghost in the Shell: Stand Alone Complex）两季及其剧场版主要剧情的详细介绍。
系列总览
《幽灵计划：独立单元 complexes》（Ghost in the Shell: Stand Alone Complex, 简称 S.A.C.）是《攻壳机动队》系列的电视剧和电影续作。故事设定在近未来，高度发达的科技使得人体可以进行大规模义体改造（赛博格化），同时也带来了新的犯罪形式和哲学探讨，特别是关于“灵魂”（Ghost）与“躯壳”（Shell）的关系。
第一季：Stand Alone Complex (S.A.C.) (2002-2003)
第1话：入侵 (Invasion)
剧情简介： 神谷俊二（Shinji Kurogane）少佐回到公安九课，与草薙素子（Motoko Kusanagi）重逢。不久后，发生多起针对政府高官的枪击事件，凶手使用的武器和手法都极为先进。调查指向一个名为“普罗米修斯”（Prometheus）的神秘黑客组织。九课开始介入调查，神谷和草薙与其他队员一起追踪线索，逐步逼近真相。这季开场就奠定了紧张的悬疑氛围。
主要角色： 神谷俊二、草薙素子、巴特（Batou）、荒卷大辅（Aramaki）、荒卷一郎（Ichikawa）、草薙由美子（Yumemi Kusanagi 草薙素子的妹妹，后期牺牲）。
第2-4话：幽灵 (Ghost)
剧情简介： “普罗米修斯”组织的目标是刺杀日本首相。在追查过程中，九课发现普罗米修斯成员使用的不仅仅是高科技武器，还有被植入特殊“病毒”的义体士兵。同时，草薙素子发现了一个代号“傀儡师”（Puppet Master）的黑客，他似乎在操控着整个事件。随着调查深入，一个更大的阴谋浮出水面，涉及国家机密和某种名为“Ghost”的特殊技术。
关键事件： 由美子的牺牲，让草薙素子更加冷酷和专注于任务。傀儡师成为本季重要的对手。
第5-7话：灵魂 (Soul)
剧情简介： 九课调查一起涉及非法人体改造和“灵魂”移植的犯罪案。他们发现一个名为“希玛”（Shima）的神秘黑客，他似乎也在寻找“Ghost”的秘密。同时，草薙素子开始接触一个名为“卡尔曼·克萨”（Kurman Kassad）的少校，他似乎掌握着关于“Ghost”的重要情报，并与普罗米修斯组织有联系。剧情开始涉及更深层次的哲学问题。
关键事件： “希玛”的出现，关于“Ghost”和“灵魂”的探讨。
第8-10话：黑客帝国 (Hackerspace)
剧情简介： 草薙素子追踪“希玛”到一个名为“黑客空间”（Hackerspace）的地下网络世界。在那里，她发现了一个巨大的阴谋：普罗米修斯组织、希玛，以及神秘的“卡尔曼·克萨”少校，他们实际上都在为一个名为“AIGIS”（雅典娜计划）的秘密军事项目工作，目的是制造能够控制人类思想的“Ghost”武器。神谷俊二被卷入这场冲突，他的妻子美树（Miki Kurogane）也成为了人质。
关键事件： 黑客空间的探索，“AIGIS”计划的揭露，美树被掳走。
第11-13话：独立单元 (Stand Alone Complex)
剧情简介： “AIGIS”计划被曝光后，引发巨大混乱。草薙素子、巴特、荒卷大辅等人试图阻止计划的实施。傀儡师在此阶段再次出现，他的目的似乎更加复杂。最终，草薙素子利用自己的能力，在虚拟和现实世界中展开激战，阻止了武器的研究，但代价是神谷俊二的妻子美树不幸身亡。草薙素子选择独自离开九课，进入一段漫长的“独立单元”状态。
关键事件： “AIGIS”计划被阻止，美树的牺牲，草薙素子的离开。
第二季：Stand Alone Complex 2nd GIG (2004-2005)
第1-2话：重获自由 (Rebirth)
剧情简介： 时间跳跃到一年后。草薙素子已经脱离了九课，过着相对隐秘的生活。然而，一系列针对特定目标（如记者、科学家）的精准暗杀事件再次发生，使用的手法和上一季类似。这些事件被称为“蜂鸟行动”（Swallow Operations）。草薙素子被卷入调查，并发现这些暗杀背后似乎有一个代号“巴奇”（Bach）的神秘人物。同时，她得知神谷俊二似乎还活着。
关键事件： 草薙素子重出江湖，“蜂鸟行动”的开始，巴奇的出现。
第3-5话：背叛 (Betrayal)
剧情简介： 草薙素子调查“蜂鸟行动”，发现这背后可能牵扯到政府内部的某个秘密组织“蜂巢”（Hive）。与此同时，九课内部发生叛变，由荒卷一郎少佐领导的派系试图夺取对草薙素子的控制权，并利用她作为对抗“蜂巢”的武器。草薙素子被迫与昔日的同事为敌。
关键事件： 荒卷一郎的叛变，“蜂巢”组织的出现。
第6-8话：神 (God)
剧情简介： 草薙素子继续追踪“蜂鸟行动”和“蜂巢”组织的真相。她发现巴奇似乎在进行某种实验，试图理解并利用“Ghost”。在这个过程中，她遇到了一个拥有强大精神能力的少女“妮娜·艾因佐尔”（Nina Ainazaki），以及神秘的“希玛”再次出现，并似乎与巴奇有着某种联系。草薙素子开始怀疑巴奇的真实身份和目的。
关键事件： 妮娜·艾因佐尔的登场，“希玛”的回归。
第9-11话：进化 (Evolution)
剧情简介： “蜂巢”组织的阴谋被揭露，他们试图利用大规模网络攻击瘫痪整个国家，并建立一个由他们控制的“理想社会”。草薙素子与九课残余成员（包括回归的巴特和荒卷大辅）联手对抗“蜂巢”。巴奇的真实身份也逐渐清晰，他似乎是一个试图通过极端手段理解“Ghost”存在的存在主义者。最终决战在虚拟与现实交织的世界中进行。
关键事件： “蜂巢”组织的阴谋败露，巴奇的最终目的揭晓。
第12-13话：幽灵 (Ghost)
剧情简介： 第二季的最终话，草薙素子与巴奇在虚拟空间中进行最终对决。巴奇在临死前，通过草薙素子的身体，向世界传达了他关于“Ghost”存在的意义。草薙素子最终击败了巴奇，但事件也引发了关于人类存在和“Ghost”本质的深刻思考。第二季在草薙素子独自凝视着东京夜景的画面中结束，留下悬念。
关键事件： 与巴奇的最终决战，巴奇的理念传达。
剧场版：Stand Alone Complex: The Movie (2004)
剧情简介： 时间设定在第一季和第二季之间。草薙素子脱离九课后不久，发生了一系列由神秘黑客“希玛”策划的攻击事件，目标是瘫痪东京的交通系统。草薙素子再次出手，与昔日的同事荒卷大辅等人联手，对抗希玛的“数字幽灵”攻击。电影展现了草薙素子独立行动的能力和风格，以及她与旧有体系的复杂关系。电影中穿插了草薙素子对“Ghost”与“Shell”关系的思考，并揭示了神谷俊二并未死亡，而是以特殊形式存在。
剧场版：Stand Alone Complex 2: Innocence (2006)
剧情简介： 时间设定在第二季之后。本片故事相对独立，聚焦于一个被追捕的少年黑客“飞鸟”（Asuka R. Langley Sora），他似乎掌握着某种足以颠覆世界的秘密技术。草薙素子、巴特、荒卷大辅等人被卷入追捕飞鸟的行动中。随着调查深入，他们发现这背后牵扯到一个名为“希玛”的神秘人物（实际上是与草薙素子同源的人工智能），以及一个关于“Ghost”和“人性”的宏大阴谋。电影探讨了记忆、身份和人工智能的权利等深刻主题。
关键事件： 飞鸟的登场，“希玛”的真相揭晓，关于“Ghost”和人工智能的哲学探讨。
总结
《幽灵计划：独立单元 complexes》通过其复杂的人物关系、深刻的哲学探讨、紧张刺激的剧情和精良的制作，成为了一部里程碑式的科幻作品。它不仅展现了赛博朋克世界的魅力，也深入探讨了在科技高度发达的未来，人类何以为“人”这一核心问题。草薙素子作为主角，其冷静、强大又略带孤独的形象深入人心。
