这是《博物馆奇妙夜2》（Night at the Museum: The New Empire）的剧情介绍：
续集故事发生在第一部事件（主要是拿破仑雕像复活）几年之后。此时的美国自然历史博物馆，在亨利·斯坦顿（Henry Stinton）馆长去世后，由他的侄女艾米丽·斯坦顿（Emily Stinton）接管。
艾米丽是一位事业心强、注重博物馆形象的现代管理者，她认为博物馆的“奇迹”时代已经结束，希望将博物馆打造成一个更注重科技和游客体验的商业化场所，甚至考虑引入昂贵的互动屏幕等技术。
然而，就在艾米丽推行一系列改革，并计划在博物馆举办一个大型、昂贵的开幕式时，一系列无法解释的怪事再次发生。从博物馆的埃及展馆开始，古老的展品——包括图坦卡蒙的黄金面具、木乃伊等——开始复活，并似乎在策划着什么。
与此同时，一位名叫本（Ben）的年轻男子来到博物馆，他对博物馆的历史和藏品有着浓厚的兴趣，并无意中发现了隐藏在博物馆内的一个秘密通道。这条通道通向了博物馆的“禁地”——一个存放着所有“非展品”和被认为“不安全”的展品的区域。
本发现自己被复活的展品（特别是木乃伊阿努比斯）引导，似乎这些古老的灵魂需要一个“新主人”来帮助他们完成某个重要的任务或保护博物馆免受外部威胁。本逐渐卷入了这场新的“博物馆奇妙夜”冒险中。
艾米丽则忙于应对展品复活的公关危机，并试图用科学和安保措施来阻止怪事，但屡屡失败，她的改革计划也受到了严重影响。
在本的帮助下，艾米丽和博物馆的守护者——亨利·斯坦顿馆长（这次以更完整和智慧的形象回归，甚至能短暂飞行）——不得不再次联手，揭开博物馆内部隐藏的秘密，找出这次混乱的幕后黑手（通常与某个试图利用博物馆能量的反派有关），并阻止展品们引发更大的混乱，同时也要保护像本这样意外闯入者。
最终，他们必须齐心协力，利用展品的独特能力和博物馆本身的智慧，解决危机，并重新找回博物馆的“奇妙”精神。
《博物馆奇妙夜2》延续了前作的奇幻、冒险和喜剧风格，但故事背景转向了博物馆的“禁地”，引入了新的角色，并围绕博物馆现代化与历史传承之间的冲突展开情节。
