口袋妖怪红宝石（Ruby）和蓝宝石（Sapphire）的剧情是相连的，通常一起介绍。以下是它们的剧情梗概：
故事背景：
玩家扮演一名年轻的训练家，在完成口袋妖怪学校（Poke Academy）的课程后，怀揣着成为世界第一训练家的梦想，在劲敌（Silver/Blue）的挑衅和鼓励下，踏上了旅程。故事发生在大海环绕的丰缘地区（Hoenn Region）。
主要剧情：
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启程与初遇： 玩家在木炭镇（Coal Town）出发，遇到并选择初始宝可梦（火系火恐龙、水系比目鱼王或草系蚊香蛙皇）。随后在卡那兹镇（Cannet Town）的道馆战中，首次与劲敌交手并获胜，获得了全国第一号道的通行证。
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探索与挑战： 玩家继续旅程，探索丰缘地区的各个城镇和地区，如枯叶市（Petaya City）、博士的实验室（Prof. Oak's Lab）、双子岛（ Twin Islands）、丰缘联盟（Hoenn League）等。途中会遇到各种道馆馆主，挑战并战胜他们，获得全国道馆挑战的资格。
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神秘组织——火箭队： 在旅途中，玩家会持续与以达克多（Archie）为首的火箭队（Team Rocket）及其首领火箭头目（Giovanni）作斗争。火箭队试图利用传说中的宝可梦雷吉洛克（Regirock）、雷吉伊布（Regice）和雷吉鲁姆（Registeel）来制造混乱并称霸世界。玩家多次挫败他们的阴谋。
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传说中的宝可梦： 剧情中，玩家会先后遇到并捕捉传说中的宝可梦雷吉洛克、雷吉伊布。雷吉鲁姆通常在击败丰缘联盟冠军后，作为奖励交给玩家。
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劲敌的真相： 随着剧情发展，劲敌的真实身份逐渐揭露。他并非简单的竞争对手，而是冠军绿宝石（Emerald Champion, 绿宝石版的主角）。在绿宝石版中，玩家最终会与绿宝石主角在冠军之路（Champion Road）进行一场意义重大的战斗。
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丰缘联盟： 玩家一路过关斩将，最终抵达丰缘联盟的大都城丰缘市（Safari Zone & Saffron City），挑战丰缘地区的冠军。战胜冠军后，玩家获得了全国道馆挑战的资格。
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全国挑战： 获得全国道馆挑战资格后，玩家前往关都地区（Kanto Region），挑战关都联盟。战胜八位道馆馆主和冠军后，玩家正式成为“世界第一训练家”。
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最终决战（仅在绿宝石版）： 在击败关都冠军后，玩家会收到来自绿宝石主角的邀请，前往冠军之路，与他/她进行最终的决战。这场战斗的结果往往与绿宝石版的故事线紧密相连。
总结：
《口袋妖怪红宝石/蓝宝石》的核心剧情是玩家作为一名训练家，在丰缘地区展开冒险，不断挑战道馆，战胜劲敌，最终目标是成为世界第一训练家，并在这个过程中与邪恶组织火箭队对抗，探索传说中的宝可梦。红宝石版侧重于火系和地面系，蓝宝石版则侧重于水系和飞行系，但主线剧情基本一致，角色和部分宝可梦的分布有所不同。绿宝石版则在红/蓝/红宝石的基础上增加了与另一主角的互动和更丰富的剧情分支。
